Deteksi Kontaminan Babi dengan Metode PCR (Polymerase Chain Reaction)

Halal dan toyib. Konsumen nonmuslim pun lebih yakin ketika memilih produk dengan label halal yang berarti produk tersebut aman dikonsumsi…

Halal dan toyib. Konsumen nonmuslim pun lebih yakin ketika memilih produk dengan label halal yang berarti produk tersebut aman dikonsumsi

Metode PCR (Polymerase Chain Reaction)

Satu tahun belakangan ini, kita sudah tidak asing lagi dengan istilah “tes PCR”. Apa itu PCR? PCR merupakan salah satu metode yang dapat diaplikasikan di bidang biologi molekuler, diagnostik dan forensik. PCR adalah suatu teknik dengan beberapa tahap yang berulang (siklus) dan pada setiap siklus terjadi duplikasi jumlah target DNA untai ganda. 

Umumnya, proses ini dilakukan antara 20-45 siklus tiap running. Prinsip PCR yaitu mengamplifikasi atau memperbanyak sekuen DNA spesifik menjadi ribuan hingga jutaan kali lipat sekuen DNA. Sekuen DNA spesifik diamplifikasi menjadi dua selanjutnya menjadi empat dan seterusnya.

(Istimewa/Dini)

Terdapat dua jenis PCR yaitu PCR konvensional dan RT-PCR. PCR konvensional dapat mendeteksi secara kualitatif, hanya mengetahui ada tidaknya untai DNA target yang akan dianalisis, sehingga perlu dilakukan visualisasi pada agar elektroforesis. Sebenarnya, RT-PCR merupakan singkatan dari Reverse Transcriptase-PCR (Sudjadi dan Rohman, 2016), akan tetapi banyak yang menyebut kalau RT-PCR singkatan dari Real-Time PCR dan hal ini juga benar karena RT-PCR lebih cepat, akurat dan dapat dianalisis secara kuantitatif.

Kelebihan RT-PCR antara lain memiliki sensitivitas yang lebih tinggi, risiko kontaminasi silang yang lebih sedikit dan aplikasi penggunaannya lebih banyak. Aplikasi RT-PCR cocok digunakan untuk analisis ekspresi gen, penentuan jumlah virus, analisis kehalalan pangan dan lain-lain. Kelemahan RT-PCR antara lain peralatan dan reagen yang lebih mahal serta dibutuhkan pemahaman teknik yang benar untuk hasil yang akurat, sehingga uji PCR hanrganya lebih mahal.

Kehalalan Pangan

(Istimewa/Dini)

Saat ini, kesadaran konsumen dalam mengonsumsi produk-produk halal (makanan dan minuman halal, kosmetik halal serta barang gunaan halal) semakin meningkat. Tidak hanya orang muslim yang peduli dengan kehalalan suatu produk. Konsumen non-muslim pun lebih yakin ketika memilih produk dengan label halal yang berarti produk tersebut aman untuk dikonsumsi.

Suatu produk yang mengandung unsur haram secara eksplisit dilarang dalam Al-qur’an, Sunnah dan Ijma’ ulama. Larangan tersebut juga terbukti berbahaya baik secara kimia, mikroba maupun psikologi (Fadzillah et al. 2011). Pada dasarnya, terdapat sembilan kategori yang diharamkan menurut Al-qur’an dan hadits, yaitu:

1. Bangkai

2. Darah yang mengalir atau yang telah membeku

3. Produk turunan babi seperti daging babi, lemak babi, gelatin babi dan lain-lain

4. Hewan yang disembelih tidak menyebut nama Allah atau nama selain Allah

5. Hewan yang disembelih sedemikian rupa sehingga mencegah keluarnya darah dari tubuhnya

6. Semua bahan yang memabukkan (intoksikan), seperti khamr dan narkotika

7. Hewan buas seperti singa dan harimau

8. Hewan yang bergigi tajam seperti burung hantu

9. Beberapa hewan darat seperti katak dan ular (Che Man dan Sazili, 2010)

Pada dasarnya, segala sesuatu itu boleh dan diizinkan untuk digunakan atau dikonsumsi oleh manusia, kecuali yang secara jelas dilarang oleh ayat Al-qur’an maupun hadits, seperti yang tercantum di atas. Kehalalan dapat ditinjau dari tiga perspektif yaitu agama, ekonomi dan ilmu pengetahuan. Dari segi agama, setiap orang (baik muslim maupun nonmuslim) dipeintahkan oleh Allah SWT. untuk mengonsumsi makanan halal dan thayyib, sebagaimana firmanNya dalam QS Al-Baqarah ayat 168. Dari segi ekonomi, perdagangan produk halal di dunia meningkat tajam seiring dengan meningkatnya kesadaran umat Islam terhadap konsumsi produk-produk halal. Dari segi ilmu pengetahuan, isu-isu yang terkait dengan kehalalan, selalu menarik untuk diteliti (Sudjadi dan Rohman, 2016).

Deteksi Kontaminan Babi dengan Metode PCR

(Istimewa/Dini)

Salah satu kategori yang secara eksplisit dilarang dalam Al-qur’an yaitu produk babi dan turunannya. Deteksi kontaminan babi pada suatu produk dapat dideteksi dengan berbagai alat dan metode, salah satunya metode PCR. Metode ini dilakukan secara in vitro dengan mereplikasi (memperbanyak) DNA. Metode PCR dapat digunakan untuk mendeteksi adanya gen babi dan turunannya pada suatu produk.

Gen babi yang dianalisis dapat berbentuk daging, protein, lemak beserta turunan produknya seperti bakso, kuah/kaldu, susu, gelatin, maupun produk kosmetik. Prinsip pengujian dengan metode PCR adalah menentukan konsentrasi DNA yang terdapat pada sampel dengan mengukur peningkatan pewarna fluoresen yang dapat berpendar ketika terikat dengan untai ganda DNA.

Deteksi kontaminan babi pada suatu produk, yang dibutuhkan hanyalah DNA target. Oleh karena itu, dibutuhkan perlakuan ekstaksi DNA dari suatu sampel. Setelah itu, diamati konsentrasi dan kemunian DNAnya, baru dianilisis menggunakan PCR. Jumlah sampel yang dibutuhkan juga sangat sedikit, hanya 100-200 mg tiap pengujian, tergantung jenis sampel. Kemudian pada saat analisis dengan PCR, sampel DNA yang dibutuhkan hanya 25 ┬ÁL yang dimasukkan ke dalam tube ukuran 0,2-0,5 mL.

Pada umumnya, metode PCR dapat mengamplifikasi fragmen dengan panjang sekitar 100-600 pasang basa untuk keperluan deteksi. Pada reaksi PCR dibutuhkan beberapa senyawa dan pereaksi, diantaranya:

1. Cetakan DNA, membawa daerah yang akan diamplifikasi

2. Dua primer, yang komplemen atau dapat melengkapi setiap untai target DNA

3. DNA polimerase, enzim yang tahan pada pemanasan dengan suhu optimum sekitar 70 0C

4. Larutan buffer, memberikan lingkungan yang cocok secara kimiawi, sehingga terjadi aktivitas dan stabilitas optimum bagi DNA polimerase

5. Kation bervalensi dua (ion magnesium atau mangan), untuk mutagenesis DNA dengan PCR, semakin tinggi konsentrasinya maka semakin tinggi kesalahan pada sintesis DNA (Sudjadi dan Rohman, 2016).

Secara umum, reaksi PCR terjadi tiga tahap yaitu tahap permulaan, tahap annealing (penempelan) dan tahap elongasi (perpanjangan). Pada tahap permulaan, terjadi denaturasi dengan proses pemanasan pada suhu 95 0C selama 15 detik, cetakan DNA meleleh karena rusaknya ikatan hidrogen antara basa komplemennya sehingga menghasilkan molekul DNA untai tunggal. Pada tahap annealing, suhu larutan reaksi diturunkan menjadi 61 0C selama 40 detik sehingga sepasang primer tersebut akan menempel di daerah komplemennya pada cetakan DNA untai tunggal, ikatan hidrogen antar DNA hanya terbentuk jika urutan primernya cocok atau agak cocok dengan urutan pada cetakan DNA. Pada tahap elongasi, suhunya bergantung dari jenis DNA polimerase yang digunakan, DNA polimerase menyintesis untai DNA baru yang komplemen dengan cetakan DNA.

Pada kondisi optimum, setiap tahap perpanjangan, jumlah target DNA menjadi dua kalinya sehingga terjadi amplifikasi eksponensial jumlah fragmen DNA. Pada suhu optimum, DNA polimerase akan mempolimerisasi seribu basa per menit, tergantung jenis DNA polimerase yang digunakan.

Daftar Pustaka

Che Man, YB, Sazili AQ. 2010. Food Production from The Halal Perspective. In: Isabel Guerrero-Legarreta and YH Hui (Ed.), Handbook of Poultry Science and Technology, Volume 1: Primary Processing. Wiley, New York, pp. 183-215.

Fadzillah, Nurulhidayah Ahmad, Shams R, Mohammad AJ, Hassan AA. 2011. Halal food issues from Islamic and modern science perspevtive. 2nd International Conference on Humanities, Historical and Social Sciences IPEDR vol. 17 (2011).

Sudjadi, Abdul R. 2016. Analisis Derivat Babi. Yogyakarta (ID): Gadjah Mada University Press.

Penulis: Khoiro Inda Dini